ストーリー

『FFVII』から2年後、クラウドは運び屋として生活していた。世界は滅亡の危機からは免れたが、爪痕は大きく、星痕症候群（通称・星痕）と呼ばれる謎の病気が蔓延していた。クラウド自身は今もなおエアリスのことを引きずっており、その件を自身の罪と認識していた。星痕の発症をきっかけに仲間たちとの連絡を絶ち、エアリスと出会った教会で一人、生活するようになった。

ある日、レノから依頼を受けルーファウスの下へ向かっていたとき、クラウドはバイクに乗った謎の3人組に襲われる。彼らは、クラウドを「兄さん」と呼び、「母さん」を返せと告げるが、クラウドは何のことかわからない。謎の3人組はクラウドを追い詰めたところで何故か撤退。その後ルーファウス達の住むヒーリンについたクラウドは、襲って来た3人組がカダージュの一味であることを聞かされる。ルーファウスは、自分達の目的は世界の再建であり、邪魔をするカダージュ一味からの護衛をクラウドに依頼する。しかし、クラウドは断りそこから立ち去る。

一方、マリンと共に教会にいるクラウドを訪れていたティファはカダージュの一味の一人、ロッズに襲撃される。善戦するティファだったが、最後には敗れ、マリンを連れ去られてしまう。ティファやレノに説得され、マリンを救うため忘らるる都に向かうクラウド。しかし、カダージュ達3人に苦戦していたところをヴィンセント・ヴァレンタインに助けられる。ヴィンセントから星痕症候群や「母さん」の真実を聞かされる。

「母さん」ことジェノバを探すカダージュ達は、神羅の作った慰霊塔に目をつける。慰霊碑を狙うヤズーとロッズを阻止すべく、レノやルードも戦うが、カダージュが召喚したバハムート震により慰霊塔は破壊される。突如現れたモンスター達やバハムート震に混乱する街。バハムート震を倒すため、かつてクラウドと共に星を救った仲間達が次々と集まる。

仲間全員の協力でバハムート震は倒したものの、今度はルーファウスが密かに持っていたジェノバの首を奪われてしまう。ジェノバの首を持って逃走するカダージュを追い、途中レノとルードの妨害に遭いつつミッドガルに向かうクラウド。ビルの瓦礫の上でカダージュと戦い追い詰めるが、リユニオンを許してしまい、セフィロスが復活してしまう。