ストーリー

CHAPTER１

ソルジャー統括「ラザード」の指令により、神羅カンパニーと戦争を続けていた「ウータイ」にて、本来ジェネシスが行う予定だったミッションをザックスとアンジールがこなすこととなった。任務を遂行中、謎の兵士に襲われアンジールとはぐれてしまう。

謎の兵士を倒し、アンジールと合流しようとした時、ザックスの前に召喚獣「イフリート」が現れ戦闘となる。「イフリート」に苦戦しているとセフィロスが現れ、あっさりと倒し「アンジールが裏切った」と言い放つ。ザックスはアンジールを信頼していたため、信じようとはしなかった。

ザックス達を襲来してきた謎の兵士は、ジェネシスと同じ顔をしていた。ジェネシスの細胞をソルジャーに移植すると、本体の「ジェネシス」に操られるだけの、自我を失ったコピーとなる事実をザックスは知った。

CHAPTER２

アンジールは行方不明のまま1ヶ月がたち、ザックスはラザードからアンジールの故郷「バノーラ村」へと、タークスの「ツォン」と共に向かうよう指示を受ける。村人が誰もいないのを不審に思いつつ、アンジールの家へと訪れると、アンジールの母親が座っていた。

アンジールの母親いわく、1ヶ月前にジェネシスが村人を殲滅し、アンジールも帰っていたが誇りであるバスターソードを置いていったらしい。ジェネシスコピーの目撃情報を元に村はずれの工場に入るとジェネシスと遭遇、そこへアンジールも登場し2人はどこかへ行ってしまった。

2人の後を追うと、アンジールが母親を殺害していた。激怒したザックスをよそに、アンジールはまたどこかへ行ってしまう。アンジールを追おうした時、ジェネシスにより召喚されたバハムートと戦闘し、片翼を生やしたジェネシスは「俺たちはモンスターだ」と言いまたどこかへ去った。

CHAPTER３

ウータイとの戦争が終結したがアンジールのことで不安が隠せないザックスのもとに、セフィロスとラザードから呼び出しがかかり、クラス1st昇格をアンジール抹殺任務を伝えられた。だが直後、神羅ビルにジェネシス軍営が襲撃してきたため、タークスのメンバーと共に鎮圧した。

セフィロスに呼ばれて行った5番魔晄炉には、顔がアンジールのコピーもいた。ホランダーによりプロジェクト・Gが進められてジェネシスが生まれ、劣化していくという事実を知った時、ザックス達の元にホランダーとジェネシスが現れた。

ザックスはホランダーを追ったが、アンジールに止められる。片翼の生えたアンジールは「モンスターになってしまった」と語るが、ザックスは「翼はモンスターの証ではなく天使の翼」と言いなだめたが、激昂したアンジールの攻撃によりザックスの足元が崩れ、伍番街プレートから落下した。

CHAPTER４

落下した先は伍番街スラムの教会で、エアリスと出会う。エアリスに街へ送ってもらうことになったザックスは、エアリスと共に街の問題を解決する。エアリスはソルジャーに対して「変」で「怖い」と言うが、ザックスの魔晄を浴びた瞳の色を見て、「この空なら怖くない」と警戒を解いた。

ラザードから新ラビルがジェネシスに襲撃されていると呼び出され、道中で誇りを取り戻したアンジールと共闘して鎮圧していった。宝条を連れ去ろうとするジェネシスが現れ、アンジールが抑えている間に、召喚されたバハムートをザックスが倒す。アンジールとジェネシスの行方はまた分からなくなった。

CHAPTER５

セフィロスが資料室に籠もっているため、連絡が取れないと悩んでいたザックスの元に、アンジールが現れジェネシスとホランダーはモデオヘイムにいると言われる。ツォンと兵隊と共にモデオヘイムにつき、村を目指す最中、兵隊として任務に参加したクラウドと、田舎生まれが共通の話題となり仲良くなる。

謎の施設に侵入すると、ジェネシスがホランダーに向けて剣を向けていたため、ザックスが介入する。助かったホランダーは逃げ出したがクラウドが追い、ザックスはジェンシスと戦い、高所から落下するジェンシスを見届けた。

ホランダーの後を追うと、クラウドとツォンが倒れていた。ホランダーは奥にいると言われ、進むとアンジールがモンスター化して戦闘になる。モンスターとしての自分を恥じたアンジールは、ザックスに自分を倒させるように仕向け、ソルジャーとしての思いとバスターソードをザックスに託した。

CHAPTER６

ジェネシスの事件が一段落したザックスは、タークスのシスネとビーチで息抜き中に、ラザードがホランダーと内通していたのとエアリスが古代種という事実を聞いた。会話していると、ジェネシスコピーが暴れているため鎮圧の任務を受ける。

騒動に乗じてホランダーがジェネシスコピーを使って脱走した。脱走直後、久しぶりに現れたセフィロスから「ジェネシスは本当に死んだのか」と問われ、確実に死を見届けてはいないことをザックスは思い出した。ジェネシスは行きていて一連の事件は終わっていなかった。

CHAPTER７

エアリスの元へ行き、一緒に花売りワゴンを作成した。しかし、セフィロスから呼び出しが入り、「ラザード」「ホランダー」「ジェネシス」のいる可能性がある魔晄炉へと向かう任務がおりた。任務先はクラウドの故郷「ニブルヘイム」であり、セフィロスとクラウドも同行することになった。 

CHAPTER８

ニブルヘイムにつくと、今回派遣されたソルジャーについて聞いてくる少女「ティファ」と出会う。ティファに魔晄炉までの道を案内してもらい、魔晄炉に到着した。魔晄炉には、高密度の魔晄に浸されたモンスターがいた。

魔晄炉にジェンシスが現れ、セフィロスの母「ジェノバ」はモンスターであり、セフィロスは「ジェノバ・プロジェクト」の最高傑作だと明かされる。困惑したセフィロスに加えて、ジェネシスも魔晄炉を去り、追ったザックスはクラウドとティファと共に村まで戻った。

神羅屋敷にて数日資料を漁っていたセフィロスは人格が変貌し、ニブルヘイムに火を付けた。セフィロスを追って魔晄炉に入ると、倒れているティファを発見。奥へ進むとジェノバに「約束の地へ行こう」と呼びかけるセフィロスと戦闘。ザックスは倒されたが、代わりにクラウドが戦いセフィロスと相打ちになった。

CHAPTER９

倒れていたクラウドとザックスを見つけた宝条は実験のため魔晄に浸していた。しかしザックスが目覚めてクラウドを抱えたまま神羅兵と戦いつつ逃走。逃げたザックス達はタークスと神羅軍と敵対、シスネに見逃してもらいながら逃走を続けた。

逃げた先でジェネシスと遭遇し、ザックスは宝条により実験されプロジェクト・S用に加工されたジェノバの力を引き継いだと明かされる。ジェネバは劣化を抑えるために、ザックスの髪からジェノバ細胞を取り入れる。ザックスはクラウドを連れて、故郷「ゴンガガ」に向かった。

ゴンガガにて片翼のアンジールに似た姿を見つけたため、ザックスは追いかける。追いかけた先でホランダーとジェネシスと遭遇、2人は劣化を止めるため、実験により純粋なS細胞を移植されたクラウドを狙う。アンジールのコピーとなったラザードが止めに入り、ホランダーを倒した。

CHAPTER１０

アンジールのコピーとなったラザードにクラウドを任せ、バノーラ村ヘ向かい、ジェネシスと最後の戦闘を繰り広げた。ジェネシスを倒した後、アンジールのコピーとなったラザードはクラウドを守りきって戦死した。

ジェネシスを倒してなお、ザックスとクラウドは神羅兵に追われているため、逃走していた。エアリスにもう一度会うため生還すると言いつつ、クラウドを守りながら神羅兵と戦闘をする。

戦い倒れたザックスの元に、意識を取り戻したクラウドが這い寄る。ザックスはクラウドに対し「お前がおれの生きた証」と言い、誇りとバスターソード、エアリスへの思いなどすべてを託した。